魏晉時期，皇宮突發一起血案。宮女英慧(周放 飾)(周放 飾)在父母被殺后逃出皇宮。據傳英慧帶走了父親收藏的華佗《青囊經》最重要的部分章頁，皇上(焦恩俊 飾)隨即令太尉司馬魁(陳繼銘 飾)和大臣王贊緝捕英慧。　　華佗弟子善珍因醫術高明深得皇室寵幸，他創辦的針灸治病的神針堂家喻戶曉。其弟子皇甫謐(陳浩民 飾)(陳浩民 飾)聰慧過人，但醫術尚欠火候，善珍望其腳踏實地、刻苦學藝。　　皇上(焦恩俊飾)要賜一宮女給善珍，他故意說喜歡女弟子香苓(王鷗 飾)(王鷗 飾)，婉拒皇上好意。但皇上依然派人來賜婚，此時香苓正要被華鎮梁記大藥房公子梁柳(肖聰 飾)娶走，本就不愿意嫁給梁柳的香苓趁機上了善珍的花轎。皇甫謐等弟子將香苓抬回神針堂準備與師傅完婚，但他在花轎內發現了受傷的宮女英慧，皇甫謐讓好兄弟布準(樊少皇 飾)(樊少皇 飾)將英慧送到山寨保護起來。　　善珍在與香苓的婚禮中突然暈倒，皇甫謐卻果斷下針，卻還是沒有挽回師傅的性命。此時宮中派人來請善珍給小皇子治病，善珍已故，二師兄難當大任，香苓果斷決定讓皇甫謐前往。皇甫謐穩定住小皇子復雜的病情，得到了皇上的賞賜。但梁柳為了得到香苓，誣陷皇甫謐想娶師娘而故意加害師傅，置其于死地。朝廷大臣王贊救下了皇甫謐，因為皇上的寵妃欲讓皇甫謐為其治療不孕之癥。　　皇甫謐與香苓情感深厚，梁柳對此耿耿于懷。梁柳在父親被皇甫謐氣死后，決定與皇甫謐拼個你死我活。梁柳的干爹司馬魁在皇宮手握重權，他故意將皇甫謐和香苓的事說予皇上。皇上見到香苓后心動不已，香苓一再婉拒，皇上賜其貞節牌坊，這使得皇甫謐與香苓的前路雪上加霜。皇甫神醫劇照　　司馬魁懷疑英慧與神針堂有關系，便要梁柳暗中調查。差點上當的英慧在布準等人的努力下，最終看清了梁柳的真面目。　　皇上多次要求功績顯著的皇甫謐進宮做官遭拒，司馬魁趁機挑唆，誣陷皇甫謐藐視皇上。與此同時名士嵇康因拒寫《帝王世紀》被賜死，皇甫謐只得委屈求全同意為皇上寫史，但他更重要的任務是完成《針灸甲乙經》。瘟疫突如其來，皇甫謐請纓前往疫區;而司馬魁與梁柳卻貪贓枉法，并企圖害死皇甫謐。在布準、英慧等人的幫助下，皇甫謐和香苓先后脫險，兩人感情日益深厚。　　司馬魁寄希望于外甥女懷上龍種以達到控制皇權的目的一直未能如愿，梁柳與麗妃(王泫伊 飾)偷情懷孕，司馬魁擔心被皇甫謐發現，一心想將其滅口。　　皇上將覬覦已久的香苓帶入宮中強行封妃，香苓逃出宮后前往西域。因欺瞞皇上受到宮刑的梁柳不思悔改繼續作惡，并帶領兵勇將有著長生不老稱號的封衡抓捕。皇甫謐赴西域救封衡時巧遇布準和英慧，他們沿途又遇到了香苓所在的西域某國進獻美女的馬隊。皇甫謐與香苓雖然重逢，但香苓和西域國曼麗公主一同進了宮，香苓跟皇上說如果把她充斥后宮必會引起麻煩。果然西域國向朝廷腹地發起進攻，司馬魁帶兵去反擊卻被毒箭射中。　　為害死皇甫謐，梁柳偷走其《帝王世紀》手稿，并將其扔進深山老林。皇甫謐被香苓父母所救，因禍得福贏得了撰寫史書的時間。香苓的到來使皇甫謐對《青囊經》的完成更有信心。　　皇上以為皇甫謐再次逃跑，卻在御書房發現了皇甫謐如期完成的手稿。感慨萬千的皇上下令贈予皇甫謐一車書籍，并給予其自由。皇甫謐和香苓終在清靜的山林里結為夫妻。